Dalam menjamin mutu pelayanan, Balai Pengamanan Fasilitas Kesehatan (BPFK) Jakarta memiliki Laboratorium Kalibrasi, Laboratorium Penguji, Laboratorium/Lembaga Inspeksi dan Penyelenggara Uji Profisiensi yang telah terakreditasi oleh Komite Akreditasi Nasional (KAN) diantaranya :

1. Laboratorium Kalibrasi - LK-110-IDN

2. Laboratorium Penguji - LP-465-IDN

3. Lembaga Inspeksi Tipe A - LI-076-IDN

4. Penyelenggara Uji Profisiensi - PUP-020-IDN

Untuk melaksanakan kegiatannya, BPFK Jakarta menerapkan sistem manajemen mutu laboratorium ISO 17025:2005 yang diadopsi menjadi SNI ISO/IEC 17025:2017 dan SNI ISO/IEC 17043:2010. Komite Akreditasi Nasional (KAN) memberikan beberapa ruang lingkup yang telah terakreditasi yaitu :

Lingkup Laboratorium Kalibrasi :

1. Suhu

2. Masa

3. Volume

4. Aliran

5. Tekanan

6. Kelistrikan

7. Waktu & Frekuensi

8. Radiasi Pegion

Lingkup Laboratorium Penguji :

1. Pesawat sinar X -radiografi umum

2. Pesawat sinar X -mobile

3. Pesawat sinar X - Dental Panoramic

4. Radiasi lingkungan pesawat sinar-x

5. Pesawat sinar X – Mammografi

6. Pesawat sinar X – Fluoroskopi

7. Pesawat sinar X – CT-Scan

8. Pesawat Magentic Resonans Imaging (MRI)

9. Film Badge

10. TLD Badge